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    質譜法SNP分型檢測

    服務簡介

    SNP,即單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP),主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。與其它分子標記相比,SNP 分辨率最高也最為豐富,覆蓋基因組范圍大,遺傳上比較穩定。在人類基因組中,估計平均每1,000 個堿基對就有1 個SNP,估計其總數可達300 萬個甚至更多,是繼微衛星之后的第三代遺傳標記。SNP 分布不均勻,在非轉錄序列中要多于轉錄序列,絕大多數位于蛋白的非編碼區。通常情況下是一種二等位基因的變異,多為轉換,即一種嘧啶堿基換為另一種嘧啶堿基,或一種嘌呤堿基換為另一種嘌呤堿基,轉換與顛換之比為2:1。SNP 在CG 序列上出現最為頻繁,而且多是C→T,因為CG 中C 即胞嘧啶常被甲基化,自發脫氨后即變為胸腺嘧啶。

    生工擁有多SNP 技術服務平臺: 測序分型、PCR-RFLP 分型、Taqman 探針分型、Multiplex SNaPshot 分型、飛行時間質譜(MALDI-TOF MS)分型、LDR(高溫連接酶法)分型、HRM(高分辨率熔解曲線)分型(見XM0703)、焦磷酸測序分型(見XM0804)等技術平臺。生工技術平臺涵蓋了從低通量、中等通量到高通量的完整SNP 分型平臺,能滿足不同規模項目的需求,為您量身打造個性化的服務。

    MassARRAY? MALDI-TOF MS System(時間飛行質譜生物芯片系統)是由美國AgenaBioscience公司獨家研制并生產的基因分型檢測系統,也是目前唯一采用飛行時間質譜的原理直接進行SNP分型檢測的設備。目前,我們引進的這套MASSARRAY? SNP分型檢測的質譜范圍為 4500到 9000 道爾頓(分子量單位)。位點檢測成功率>95%,檢測重復性>99%。

    技術支持

    電話:021-57072163

    郵箱: service@sangon.com

    服務特點

    • 通量高
    • 準確性高
    • 簡單靈活
    • 靈敏度高
    • 成本低

    工作原理

    該系統主要利用了基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜 (MALDI-TOF MS) 技術。 其主要特點是:經過PCR擴增后的產物,加入SNP序列特異延伸引物,在 SNP 位點上,延伸 1 個堿基。然后將制備的樣品分析物與芯片基質共結晶,將該晶體放入質譜儀的真空管 , 而后用瞬時納秒 (10-9s) 強激光激發,由于基質分子經輻射所吸收的能量,導致能量蓄積并迅速產熱,從而使基質晶體升華,核酸分子就會解吸附并轉變為亞穩態離子,產生的離子多為單電荷離子, 這些單電荷離子在加速電場中獲得相同的動能,進而在一非電場漂移區內按照其質荷比率得以分離,在真空小管中飛行到達檢測器。理論上講,只要飛行管的長度足夠, 檢測儀器可檢測得分子質量數是沒有上限的。

    圖1工作原理示意圖

    操作流程

    樣品準備

    1)    基因組DNA

    樣品濃度不低于20 ng/μl,總體積不少于20 μl。

    2)    血液樣品

    用EDTA抗凝劑的真空管采集或枸椽酸鈉抗凝,采集后放入-20°C冰箱保存(最好-80°C保存),體積大于1 ml。

    2)    組織樣品

    最好是新鮮(-80°C保存)或石蠟包埋的組織,也可以是95%乙醇中固定的組織,組織量大于10 mg;樣品-70°C郵寄至本公司(干冰或液氮運送)以保證樣品質量。

    實驗流程

    圖2 質譜法SNP檢測流程示意圖

    結果分析

    1)    DNA提取及電泳檢測

    圖3 DNA電泳檢測圖

    2)    質譜檢測圖

    圖4 質譜檢測圖

    2)    基因分型結果

    訂購信息

    服務內容 周期
    樣本DNA提取及模板制備 1~5個工作日(根據樣品的數量)
    引物設計合成 2~3個工作日
    預實驗 3~5個工作日
    正式實驗檢測 5-10個工作日(根據樣品數量)

    客戶提供

    1)    組織樣本或血液、基因組DNA等;

    2)    基因登錄號;

    3)    SNP信息。

    項目服務登記表:《SNP檢測服務訂單

    結果交付

    1)    原始圖片

    2)    原始數據

    3)    實驗報告

    常見問題

    Q:    飛行時間質譜(MALDI-TOF)的實驗結果的準確性和重復性如何?

    A:    在滿足一定實驗條件的情況下,SNP分型檢測結果的準確率和重復率均可達到99%以上。

    Q:    利用時間飛行質譜(MALDI-TOF)進行SNP分型檢測,與其它檢測方法相比有哪些優勢?

    A:    每種檢測方法都有各自不同的優缺點,MALDI-TOF作為一種成熟的檢測技術,當然也不例外,有關技術方面的具體內容,可隨時聯系生工技術人員。

    Q:    SNP檢測完成后客戶如果需要后續的分析,貴公司能提供那些分析數據?

    A:    如果客戶需要,我們可以免費為客戶進行Hardy-Weinberg平衡檢驗,等位基因型、基因型和單體型分析等。

    參考文獻

    [1]Jiménez-Sousa MA, Jiménez JL, Fernández-Rodríguez A, et al. VDR?rs2228570 Polymorphism Is Related to Non-Progression to AIDS in Antiretroviral Therapy Na?ve HIV-Infected Patients. J Clin Med. 2019 Mar 5;8(3). pii: E311. doi: 10.3390/jcm8030311.

    [2]Aierken K, Dong Z, Abulimiti T,et al. CDK6 3'UTR polymorphisms alter the susceptibility to cervical cancer among Uyghur females. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar 4:e626. doi: 10.1002/mgg3.626. [Epub ahead of print]

    [3]Cai J, Cui K, Niu F, et al. Genetics of IL6 polymorphisms: Case-control study of the risk of endometrial cancer. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar 3:e600. doi: 10.1002/mgg3.600. [Epub ahead of print]

    [4]Ji H, Lu L, Huang J, et al. IL1A polymorphisms is a risk factor for colorectal cancer in Chinese Han population: a case control study. BMC Cancer. 2019 Feb 28;19(1):181. doi: 10.1186/s12885-019-5395-9.

    [5]Chen X, Wang M, Zhang Q, et al. Stress response genes associated with attention deficit hyperactivity disorder: A case-control study in Chinese children. Behav Brain Res. 2019 May 2;363:126-134. doi: 10.1016/j.bbr.2019.01.051. Epub 2019 Jan 29.

    [6]Jin T, Zhu L, Bai M, et al. Association between the IL1R2 rs2072472 polymorphism and high-altitude pulmonary edema risk. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar;7(3):e542. doi: 10.1002/mgg3.542. Epub 2019 Jan 22.

    [7]Bei C, Liu S, Yu X, et al. Single Nucleotide Polymorphisms in?miR-122?Are Associated with the Risk of Hepatocellular Carcinoma in a Southern Chinese Population. Biomed Res Int. 2018 Dec 19;2018:1540201. doi: 10.1155/2018/1540201. eCollection 2018.

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