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    單核苷酸多態性(SNP)分型

    服務簡介

    SNP,即單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP),主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。與其它分子標記相比,SNP 分辨率最高也最為豐富,覆蓋基因組范圍大,遺傳上比較穩定。在人類基因組中,估計平均每1,000 個堿基對就有1 個SNP,估計其總數可達300 萬個甚至更多,是繼微衛星之后的第三代遺傳標記。SNP 分布不均勻,在非轉錄序列中要多于轉錄序列,絕大多數位于蛋白的非編碼區。通常情況下是一種二等位基因的變異,多為轉換,即一種嘧啶堿基換為另一種嘧啶堿基,或一種嘌呤堿基換為另一種嘌呤堿基,轉換與顛換之比為2:1。SNP 在CG 序列上出現最為頻繁,而且多是C→T,因為CG 中C 即胞嘧啶常被甲基化,自發脫氨后即變為胸腺嘧啶。生工擁有多SNP 技術服務平臺: 測序分型、PCR-RFLP 分型、Taqman 探針分型、Multiplex SNaPshot 分型、飛行時間質譜(MALDI-TOF MS)分型、LDR(高溫連接酶法)分型、HRM(高分辨率熔解曲線)分型(見XM0703)、焦磷酸測序分型(見XM0804)等技術平臺。生工技術平臺涵蓋了從低通量、中等通量到高通量的完整SNP 分型平臺,能滿足不同規模項目的需求,為您量身打造個性化的服務。

    技術支持

    電話:021-57072163
    Email:service@sangon.com

    主要流程

    與客戶溝通(確定位點和方案)
    簽定合同(客戶付清預付款)
    樣品檢測與預實驗
    正式實驗
    客戶付清余款
    提交客戶結果及數據分析

    訂購信息

    服務項目 服務內容 周期
    測序法篩查基因突變位點 設計引物PCR 擴增外顯子測序 根據量而定
    測序法SNP分型 設計引物PCR擴增SNP位點測序 根據量而定
    PCR-RFLP SNP分型 設計方案、PCR、 酶切、電泳、基因型統計 3-4周
    MGB探針SNP分型 熒光定量PCR儀檢測、 數據處理、基因型統計 5-6周 (含定探針時間
    ABI MGB探針訂制 熒光定量PCR儀檢測、 數據處理、基因型統計 4-5周
    Multiplex SNaPshot SNP分型 設計引物、多重PCR、毛細管電泳、 數據處理、基因型統計 4-6周
    MALDI-TOF質譜法SNP檢測 設計引物、多重PCR、質譜檢測、 數據處理、基因型統計及分析 4-6周
    LDR SNP分型 設計引物、多重PCR、連接反應、 毛細管電泳、數據處理、基因型 3-5周
    多重PCR&NGS法 SNP分型 多重PCR引物設計及合成、多重PCR體系優化、多重擴增及文庫構建、高通量測序、生物信息分析 4-6周

    客戶提供

    交付樣品

    DNA 樣品:待檢測DNA 樣品濃度要相對均一,DNA樣品濃度在10~50 ng/μl 之間,體積>20 μl,用雙蒸水或者TE 緩沖液溶解,不含PCR 抑制劑。務必注明樣品的準確濃度;

    為了保證樣品質量能夠達到SNP 檢測要求,正式實驗前我們需要對樣品DNA 濃度與質量進行檢測,并根據檢測結果進行濃度調整;隨機選取10%樣品,用我們公司已有的高頻率SNP 位點所對應的引物進行SNP 分型實驗,我們會將DNA 鑒定結果及時告知客戶并共同決定是否進入正式實驗;

    血液或組織樣本:血液樣本用EDTA 抗凝劑的真空管采集或枸椽酸鈉抗凝,采集后放入-20°C 保存(最好-80°C 保存),體積大于1 ml;組織樣本最好是新鮮(-80°C 保存)或石蠟包埋的組織,也可以是95%乙醇中固定的組織,組織量大于10 mg。

    提供信息

    NCBI 基因登錄號和rs號或詳細的SNP檢測位點及上下游各200 個堿基的基因組DNA 模板序列,并注明在此范圍之內所有其它SNP 位點。最好能提供待檢測SNP 位點在采樣人群中的等位基因頻率信息。

    最終交付

    交付報告

    SNPs 統計結果(Excel 表格);實驗過程及其涉及的電泳圖、酶切圖、測序峰型圖;擴增和反應體系所設計的引物序列;客戶所需的其他資料。

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